بخش آسیب شناسی آناتومیکال یا بخش پاتولوژی به مطالعه سلول ها و بافت ها اختصاص دارد. در این بخش نمونه هایی که در جریان اعمال جراحی یا نمونه برداری های مختلف به دست میايند و نیز نمونه های مایعات بیولو‍‍‍ژيك بدن یا آسپیراسیون توده های تومورال آماده سازی شده جهت تشخیص در اختیار پزشکان آزمایشگاه قرار میگیرد .